El problema es que el tiempo de ejecución que tienes por defecto es una kaka el límite suele estar predeterminado a 30 para cambiar ese tiempo máximo de ejecución cambiar estas variables en el php.ini
max_execution_time = 300 ;
max_input_time = 250 ;
Cambiando estas variables se establece el número de segundos que se permite la ejecución de un script. Si esto se alcanza, el script devuelve un error fatal.
Modifica las variables por consola en
sudo nano /etc/php5/apache2/php.ini
sudo nano /etc/php5/cli/php.ini
y luego
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Si te quedas corto juega con las cifras tal vez no es muy recomendable darle un valor excesivamente grande pero en algunos casos puede ser totalmente correcto
